1995年，随着“中心”事业的不断发展、壮大，为了适应医疗市场的需求，经市“体改委”批准改制为股份制合作医院。
近年来，由于卫生政策及医疗市场的变化，“中心”医疗工作受到冲击，经营出现严重亏损，举步维艰。
通过西安市卫生局与西安市红十字会医院的多方努力、多次沟通、认真研究，以建设人文西安、和谐西安为目的，经2007年5月9日局长办公会议研究，同意西安截瘫康复医疗中心取消股份合作制，转制为集体所有制性质单位，并作为西安市红十字会医院的分支机构，以分院的形式进行全面经营管理。
2007年5月21日，院领导班子全体成员及医院主要职能部门负责人前往西安截瘫康复医疗中心，主持召开了“中心”职工大会。会议由樊源副院长主持，冯一宁副院长传达了《西安市卫生局关于西安截瘫康复医疗中心转制的批复》（市卫发[2007]197号）文件，郝定均书记宣读了《中共西安市红十字会医院委员会关于西安截瘫康复医疗中心转制后有关事宜的决定》（市红医党发[2007]3号）。
